师资队伍

1、主持或参与项目

[1] 主持，国家自然科学基金面上项目，基于多视角图神经网络的细胞通讯推断方法研究，2025/01-2028/12；

[2] 主持，国家自然科学基金青年项目，基于深度学习的circRNA识别及其与疾病关联的预测方法研究，2021/01-2023/12；

[3] 主持，山东省自然科学基金面上项目，基于图神经网络的细胞通讯推断方法研究，2025/01-2027/12；

[4] 主持， 山东省自然科学基金青年项目，基于归纳矩阵补全的长链非编RNA(lncRNA)和疾病关联预测方法研究，2021/01-2023/12；

[5] 主持，山东省高等学校青年创新团队，生物医学大数据挖掘与计算创新团队，2024/01-2026/12；

[6] 主持，山东省科技型中小企业创新能力提升工程项目，基于人工智能的环状RNA与疾病关联预测可视化关键技术及平台研发，2023/07-2025/07；

[7] 项目骨干，国家重点研发计划，服务内容资源管理技术研发；

[8] 项目骨干，科技创新2030-“新一代人工智能”重大项目，面向复杂数据处理的新型神经网络模型研究；

[9] 项目骨干，国家自然科学基金面上项目, 基于细粒度深度神经网络的顺式调控元件-蛋白质结合基元挖掘方法研究；

[10] 项目骨干，国际(地区)合作与交流项目, 基于深度学习的核苷酸序列motif挖掘方法研究。

2、奖励

[1] 国际应用智能会议最佳论文奖，2024

3、 论文、著作

[1]. Lin Yuan, Shengguo Sun, Yufeng Jiang, Qinhu Zhang, Lan Ye, Chun-Hou Zheng, De-Shuang Huang. ‘scRGCL: a cell type annotation method for single-cell RNA-seq data using residual graph convolutional neural network with contrastive learning,’ Briefings in Bioinformatics, 2025, 26(1): bbae662.(中科院一区TOP)

[2]. Lin Yuan, Ling Zhao, Yufeng Jiang, Zhen Shen, Qinhu Zhang, Ming Zhang, Chun-Hou Zheng, De-Shuang Huang. ‘scMGATGRN: a multiview graph attention network-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data,’ Briefings in Bioinformatics, 2024, 25(6): bbae526.(中科院一区TOP)

[3]. Lin Yuan, Shengguo Sun, Qinhu Zhang, Hai-Tao Li, Zhen Shen, Chunyu Hu, Xiaogang Zhao, Lan Ye, Chun-Hou Zheng, De-Shuang Huang. ‘Identification of ferroptosis-related lncRNAs for predicting prognosis and immunotherapy response in non-small cell lung cancer,’ Future Generation Computer Systems, 2024, Volume 159, Pages 204-220.(中科院一区TOP)

[4]. Lin Yuan, Yufeng Jiang, Boyuan Meng, Qingxiang Wang, Cuihong Wang, De-Shuang Huang. ‘SpaLSTF: Diffusion-based generative model with BiLSTM and XCA-Transformer for spatial transcriptomics imputation,’ PLOS Computational Biology, 2026, 22(2): e1013954.(CCF推荐B类期刊)

[5]. Lin Yuan, Yufeng Jiang, Qingxiang Wang, Chunyu Hu, Guanghua Li, Chun-Hou Zheng. ‘DeepSGE: predicting spatial gene expression using residual network with efficient channel attention and dynamic graph attention network,’ BMC genomics, 2026.(中科院二区)

[6]. Lin Yuan, Boyuan Meng, Qingxiang Wang, Chunyu Hu, Cuihong Wang, De-Shuang Huang. ‘SpaMWGDA: Identifying spatial domains of spatial transcriptomes using multi-view weighted fusion graph convolutional network and data augmentation,’ PLOS Computational Biology, 2025, 21(11), e1013667.(CCF推荐B类期刊)

[7]. Lin Yuan, Zhijie Xu, Boyuan Meng, Lan Ye. ‘scAMZI: attention-based deep autoencoder with zero-inflated layer for clustering scRNA-seq data.’ BMC Genomics, 2025, 26(1): 350.(中科院二区)

[8]. Lin Yuan, Ling Zhao, Jinling Lai, Yufeng Jiang, Qinhu Zhang, Zhen Shen, Chun-Hou Zheng, De-Shuang Huang. ‘iCRBP-LKHA: Large convolutional kernel and hybrid channel-spatial attention for identifying circRNA-RBP interaction sites.’ PLOS Computational Biology, 2024, 20(8), e1012399.(CCF推荐B类期刊)

[9]. Lin Yuan, Jiawang Zhao, Zhen Shen, Qinhu Zhang, Yushui Geng, Chun-Hou Zheng, and De-Shuang Huang. ‘iCircDA-NEAE: Accelerated attribute network embedding and dynamic convolutional autoencoder for circRNA-disease associations prediction,’ PLOS Computational Biology, 2023, 19(8): e1011344.(CCF推荐B类期刊)

[10]. Zhen Shen, Yanling Shao, Wei Liu, Qinhu Zhang, Lin Yuan*. ‘Prediction of back-splicing sites for CircRNA formation based on convolutional neural networks.’ BMC Genomics, 2022, 23(1), 581.(中科院二区TOP)

[11]. Lin Yuan, Jing Zhao, Tao Sun, Zhen Shen. ‘A machine learning framework that integrates multi-omics data predicts cancer-related LncRNAs.’ BMC Bioinformatics, 2021, 22(1), 332.(SCI Q1)

[12]. Feng Pang, Dong Shi, Lin Yuan*. ‘Screening and identification of key genes for cervical cancer, ovarian cancer and endometrial cancer by combinational bioinformatic analysis.’ Current Bioinformatics, 2023, 18(8), Pages 647-657.(SCI Q2)

4、专利等知识产权

[1] 发明专利，袁林等，一种基于人工智能的空间域识别方法，2025

[2] 发明专利，袁林等，一种基于去噪扩散概率模型的空间基因表达插值方法，2025

[3] 发明专利，袁林等，一种基于多视图加权融合GCN网络的空间域识别方法，2025

[4] 发明专利，袁林等，基于深度学习的从组织学图像预测空间基因表达的方法，2025

[5] 发明专利，袁林等，一种基于多视角图注意力网络的基因调控网络预测方法，2024

[6] 发明专利，袁林等，一种DNA测序数据匹配增强方法及系统，2024

[7] 发明专利，袁林等，一种基于人工智能的DNA测序数据存储方法及系统，2024

[8] 发明专利，袁林等，基于人工智能的图像识别方法及系统，2024

[9] 发明专利，袁林等，一种环状RNA和疾病关联预测方法，2022

[10] 软件著作权，基于高通量测序数据的circRNA和lncRNA集群分析和可视化平台，2023

[11] 软件著作权，lncRNA和circRNA与疾病关联分析可视化平台，2023

[12] 软件著作权，基于高通量测序数据的lncRNA和circRNA的差异表达分析和可视化平台，2022

5、学生指导与招收

指导研究生14名。研究生已获研究生国家奖学金、51大神吃瓜在线观看官方版-51暗黑吃瓜官网2026最新版V.7.19.9.8 安卓版-糖心系列vlog网研究生奖学金多项。

招收：计算机科学与技术（学硕）；计算机技术（专硕）

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